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　　话说在纽约市的下水道之中，居住着四只功夫高强的忍者神龟，他们夜间出动，除暴安良，成为了城市英雄。不过，英雄传说如今只是街头小料，在几经周折打败了老对手--大恶魔施莱德之后，亲如一家的忍者神龟们却渐渐疏远，就差没四分五裂了。与此同时，神秘的黑暗力量在似乎又开始在纽约城蔓延，神龟们的忍者老师鼠先生，越来越为此担忧。

　　原来，亿万富翁、高科技巨子马克斯·温特斯，为了弥补自己在3000年前犯的错误，试图抓住3000年一次的九星力量，把自己在3000年前召唤出来的13只魔兽送回去，而温特斯的四个兄弟（石人）却想召集一支远古魔兽军团，妄图称霸世界！而神龟的宿敌--纽约脚帮，也加入了温特斯旗下，为虎作伥。这支最终形态的精英忍者们，本就隶属施莱德掌控，如今在施莱德义女凯利的领导下，更是组织严明。

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